Os Sistemas de Incentivos do QREN consistem num conjunto diversificado de medidas de política pública, organizadas em três grandes conjuntos: o SI I&DT, o SI Inovação e o SI Qualificação de PME. Dentro de cada um destes, as tipologias de projectos apoiados apresenta grande variedade, nomeadamente no que respeita aos montantes médias de incentivo e às taxas de cofinanciamento. Tipicamente os projectos em regime especial, que representam uma pequena percentagem dos projectos apoiados, tendem a ser caracterizados por valores muito elevados de incentivo (na ordem das dezenas de milhões de euros), em claro contraste com os vales (Inovação e IDT), que são instrumentos simplificados de apoio envolvendo valores médios de incentivo na ordem das duas dezenas de milhar de euros. Quanto à taxa de incentivo média, ela tende a ser maior em projectos de pequena dimensão e/ou com uma forte intensidade de I&D, o que reflecte em larga medida as regras europeias de Auxílios de Estado.
