Os Sistemas de Incentivos do QREN prosseguiam objetivos a níveis mais agregados (ou seja, para o conjunto da economia nacional e das economias regionais que a compõem) e a nível microeconómico (relativos ao desempenho das empresas e das interações em que estão envolvidas). Os principais objetivos dos SI podem ser sistematizados da seguinte forma.
Objetivos ao nível agregado:
aumentar o peso na economia das atividades baseadas no conhecimento e tecnologia, e dirigidas a procuras internacionais dinâmicas;
aumentar o emprego, o valor acrescentado, a produtividade e a competitividade internacional da economia portuguesa.
Objetivos ao nível microeconómico:
Reforçar as competências internas das PME;
Aumentar as atividades de inovação e internacionalização das empresas;
Aumentar o empreendedorismo qualificado;
Reforçar as interações entre atores do sistema nacional de inovação;
Aumentar a competitividade das empresas cujas estratégias estão alinhadas com os objetivos de política pública aqui listados.
Estes objetivos são prosseguidos proporcionando às empresas e outras entidades beneficiárias o acesso a financiamento em condições mais favoráveis do que as que tipicamente enfrentam, ou que não conseguem obter de todo, nos mercados de crédito (em alguns casos, sob a forma de incentivos não-reembolsáveis).